На вартість сертифікації впливає багато чинників, які мають бути правильно ідентифіковані для визначення трудозатрат на здійснення сертифікаційних робіт та внесків, які сплачуються до FSC за кожного утримувача сертифікату.
Основними чинниками, що впливають на вартість сертифікації лісоуправління (FM) є:
- площа лісового фонду підприємства;
- рельєф;
- концентрація лісових масивів;
- інтенсивність лісоексплуатації;
- наявність особливих цінностей для збереження тощо.
Основними чинниками, що впливають на вартість сертифікації ланцюга постачання (СоС) є:
- вид діяльності організації (виробник чи трейдер);
- загальна виручка організації від реалізації продукції, що містить у собі деревину;
- кількість виробничих майданчиків та відстані між ними та центральним офісом тощо.
Деякі напрями діяльності потребують від аудиторської компанії врахування специфічних факторів, що впливають на загальну оцінку ризику тієї чи іншої організації-заявника і можуть бути підставою для збільшення трудозатрат при здійсненні аудитів або відмови заявнику у сертифікації. Зважаючи на це, визначення вартості сертифікаційних робіт потребує індивідуальних розрахунків для кожної організації-заявника окремо на основі інформації, отриманої від неї за встановленою формою заявки.